Como adicionar hidrogênios a um arquivo PDB

Para este tutorial, utilizaremos a ferramenta AutoDockTools (ADT) v1.5.7 no sistema operacional Windows 11.

Faça o download do ADT no endereço: https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/

Vamos começar lendo o arquivo PDB. Usaremos neste estudo de caso, a proteína 4bkx.

Abra o ADT, clique no menu File e depois em Read Molecule.

Selecione o arquivo que você deseja abrir.

A estrutura será carregada da seguinte forma:

Agora, clique em Edit, Hydrogens e depois em Add.

Clique em Polar Only e depois em OK.

Observe que os hidrogênios foram inseridos (perceba as linhas brancas nas pontas).

Agora, vamos salvar o arquivo PDBQT. Clique em Grid, Macromolecule e em Choose.

Selecione a molécula e clique em Select Molecule.

Indique onde o arquivo será salvo.

Este artigo foi inspirado neste tutorial: https://www.youtube.com/watch?v=-GVZP0X0Tg8