O comando select pode ser usado no terminal de comandos do PyMOL para selecionar resíduos ou grupos de resíduos. Sintaxe:
select [o que se deseja selecionar]
Há várias palavras-chave que podem ser usadas na seleção, como por exemplo:
- resi: seleção com base no número do resíduo (e.g., select resi 20);
- resname: seleção com base no nome do resíduo (e.g., select resname ala);
- chain: seleção por cadeia (e.g., select chain A);
Podemos ainda selecionar partes uma proteína usando a palavra-chave around.
select [e.g. resíduo] around [distância em angstroms]
Como estudo de caso, vamos avaliar a lisozima PDB ID: 2LZM. Carregue-a no PyMOL usando:
fetch 2lzm
Selecionando um resíduo pelo número (resi)
Vamos começar selecionando um resíduo. Escolhemos aleatoriamente o triptofano na posição 126 (W126). Vamos destacar o resíduo como stick para que possamos visualizar melhor a seleção.
Para selecionar o resíduo 126 podemos usar o comando:
select resi 126
ou você pode usar apenas:
sele resi 126
Note que por padrão, uma seleção é nomeada como “sele”. Para alterar o nome da seleção, aplique o comando:
select [nome da seleção], resíduo-que-se-deseja
Como por exemplo, para selecionar o resíduo 100 e chamar essa seleção de minha_selecao podemos usar:
select minha_selecao, resi 100
 |  |
| (A) Seleção com nome padrão (sele) | (B) Seleção com nome personalizado (minha_selecao) |
Selecionado com base no nome do resíduo
Podemos coletar todos os triptofanos de uma proteína digitando:
sele resname trp
Para coletar resíduos próximos, podemos usar o comando:
sele resi 126 around 6
Note que ao fazer isso, apenas os átomos serão selecionados:
Selecionado a região ao redor de dois resíduos
Digamos que desejemos selecionar todos os átomos a uma distância de 10 angstroms dos resíduos 100 e 126. Para isso podemos usar o comando:
select regiao-100-126, resi 100 or resi 126 around 10
por Diego Mariano (25 de março de 2021).