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Alinhamentos híbridos com PROMALS3D

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PROMALS3D | Image by bioinfo.com.br

Ao acessar a página do PROMALS3D, o usuário encontrará a seguinte interface (Figura 37). PROMALS3D permite usar como entrada sequências no formato FASTA. Opcionalmente, o usuário pode utilizar como entrada arquivos de estruturas de proteínas ou apenas informar o código identificador no PDB. Para executar, basta clicar no botão “Submit”.

Figura 37. Visão geral da interface do servidor web do PROMALS3D. Fonte: próprio autor.

Após o processamento dos dados, PROMALS3D retornará a seguinte página de resultados (Figura 38). Essa página irá permitir o download dos dados de alinhamento em diversos formatos, como o formato padrão do PROMALS3D, o formato CLUSTAL e o formato FASTA.

Figura 38. Página de resultado do PROMALS3D. Fonte: próprio autor.

O principal resultado do PROMALS3D pode ser obtido clicando no botão “show” da aba “Alignment results”. Para demonstrar um exemplo real, realizamos o alinhamento da beta-glicosidase do fungo Humicola insolens (PDB ID: 4MDP) e da beta-glicosidase do cupim Neotermes koshunensis (PDB ID: 3VIK). Usamos como entrada apenas os códigos PDB ID (4MDP e 3VIK). Na Figura 39, vemos os alinhamento das duas sequências.

Figura 39. Resultado de alinhamento do PROMALS3D. Fonte: próprio autor.

Perceba que acima de cada bloco de linhas dos alinhamentos, temos uma marcação de valor que indica se a posição é conservada ou não (valores inteiros entre 0 e 9, com 9 correspondendo à maior conservação). Abaixo de cada bloco temos a estrutura secundária predita, sendo a letra “e” (com fundo salmão) utilizada para indicar fitas-beta e a letra “h” (com fundo azul) utilizada para indicar hélices-alfa. As cores de cada resíduo também indicam a estrutura secundária, sendo vermelho indicando que o resíduo se encontra em uma hélice-alfa e azul indicando que se encontra em uma fita-beta.

Referências bibliográficas


Sumário

Este texto foi retirado do capítulo “Alinhamento estrutural” de Santos e colaboradores (ainda não publicado). Para um melhor entendimento, dividimos o capítulo em sete partes:

Sumário
1. Introdução
2. Alinhamento de estruturas 3D com PyMOL
3. Alinhando estruturas por linha de comando com PyMOL
4. Alinhamento de estruturas 3D com TM-align
5. Alinhamento de estruturas 3D com Multiprot
6. Alinhamento de estruturas 3D com Mustang
7. Alinhamentos híbridos com PROMALS3D
Referências bibliográficas
Boa leitura!

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