Para este tutorial, utilizaremos a ferramenta AutoDockTools (ADT) v1.5.7 no sistema operacional Windows 11.
Faça o download do ADT no endereço: https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/
Vamos começar lendo o arquivo PDB. Usaremos neste estudo de caso, a proteína 4bkx.
Abra o ADT, clique no menu File e depois em Read Molecule.
Selecione o arquivo que você deseja abrir.
A estrutura será carregada da seguinte forma:
Agora, clique em Edit, Hydrogens e depois em Add.
Clique em Polar Only e depois em OK.
Observe que os hidrogênios foram inseridos (perceba as linhas brancas nas pontas).
Agora, vamos salvar o arquivo PDBQT. Clique em Grid, Macromolecule e em Choose.
Selecione a molécula e clique em Select Molecule.
Indique onde o arquivo será salvo.
Este artigo foi inspirado neste tutorial: https://www.youtube.com/watch?v=-GVZP0X0Tg8