Como adicionar hidrogênios a um arquivo PDB

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Para este tutorial, utilizaremos a ferramenta AutoDockTools (ADT) v1.5.7 no sistema operacional Windows 11.

Faça o download do ADT no endereço: https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/

Vamos começar lendo o arquivo PDB. Usaremos neste estudo de caso, a proteína 4bkx.

Abra o ADT, clique no menu File e depois em Read Molecule.

Selecione o arquivo que você deseja abrir.

A estrutura será carregada da seguinte forma:

Agora, clique em Edit, Hydrogens e depois em Add.

Clique em Polar Only e depois em OK.

Observe que os hidrogênios foram inseridos (perceba as linhas brancas nas pontas).