Revista Brasileira de Bioinformática

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Liga Brasileira de Bioinformática

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Liga Brasileira de Bioinformática: Desafios para estimular a formação de estudantes de Bioinformática e Biologia Computacional

Sheila Tiemi Nagamatsu, Mayla Abrahim Costa, Renato Augusto Corrêa dos Santos , Lucas Miguel de Carvalho , Neli José da Fonseca Júnior , Vinicios Henrique da Silva , Deivid Almeida de Jesus , Flávia Figueira Aburjaile , Glen Jasper Yupanqui García , Gustavo Garcia Pereira , Alice Barros Câmara , Maira Rodrigues de Camargo Neves , Mônica Pereira Coelho , Elvira C.A. Horácio

Revisão: Diego Mariano
BIOINFO – Revista Brasileira de Bioinformática.
Edição #01. Julho, 2021.
DOI:
10.1093/teste/987-000-1-535-1

A Liga Brasileira de Bioinformática (LBB) é uma competição de bioinformática que visa albergar as diferentes multidisciplinaridades que a área compõe, sendo a primeira competição da América Latina neste setor. As competições colaborativas têm papel importante ao promover a comunicação interpessoal, e o trabalho em equipe, sendo incentivada durante a LBB a formação de equipes com diferentes formações acadêmicas. A LBB se apresenta em três fases: 1) composta por 60 questões de múltipla-escolha nas áreas de biologia, computação e bioinformática; 2) com cinco desafios para resolução de problemas de biologia computacional; e 3) em que as três equipes finalistas são selecionadas para desenvolvimento de um projeto científico, com apresentação escrita e oral. Na 2ª Edição da LBB, serão implementados webinar e networking com o intuito de promover o aperfeiçoamento e o aprendizado sobre temas importantes para a bioinformática e biologia computacional. Portanto, a LBB 2ª Edição se apresenta como uma grande oportunidade para participantes testarem seus conhecimentos, aprenderem, aumentarem sua rede de contatos com pessoas interessadas na área e complementarem sua formação acadêmica. Inscrições em https://lbb.ime.usp.br.

Introdução

A bioinformática é um campo multidisciplinar, e demanda que os profissionais da área apresentem habilidades interdisciplinares em tópicos como computação, biologia, estatística e matemática. Além disso, é extremamente importante o desenvolvimento de habilidades de colaboração e comunicação, para que esses profissionais possam aplicar esses conhecimentos na resolução de problemas de bioinformática, como a análise e a modelagem de dados biológicos [1]. Dada a escassez de profissionais especializados em resolução de diversos problemas em biologia computacional, competições têm auxiliado o desenvolvimento da área, visto que elas incentivam a participação de pessoas com habilidades para gerar novos conhecimentos e resolver desafios [2]. Ademais, competições colaborativas também têm desempenhado papel importante na busca do “estado da arte” de áreas específicas da biologia computacional [3]. Entre os principais exemplos, estão incluídas competições envolvendo montagem de genomas[4], determinação de estruturas de macromoléculas [5] e anotação funcional de proteínas [6].

No aprendizado, as competições colaborativas têm papel importante ao promover a comunicação interpessoal e o trabalho em grupo com diferentes níveis de formação acadêmica. Além disso, elas auxiliam a formação do pensamento crítico e a resolução de problemas de forma prática. Competições conferem vantagens em termos de perspectivas profissionais, já que instigam o desenvolvimento de habilidades importantes para o futuro profissional [7]. Estudos realizados com pré-universitários nos EUA mostram que a participação de alunos em competições nas áreas de ciência, tecnologia, engenharia e matemática (coletivamente abreviadas como “STEM”, do inglês “Science, Technology, Engineering, and Mathematics”) se correlaciona com o interesse desses participantes em seguir a carreira em STEM, área com perspectiva de crescente demanda nos próximos anos [8]. As áreas de biologia computacional e bioinformática também têm apresentado forte e crescente demanda de profissionais. Nesse contexto, a Liga Brasileira de Bioinformática (LBB) foi criada para incentivar o desenvolvimento de profissionais de bioinformática e biologia computacional no Brasil.

A primeira edição da LBB ocorreu em 2019 a partir de um projeto idealizado por membros estudantis da International Society for Computational Biology (ISCB) RSG-Brazil (rsg-brazil.iscbsc.org); sendo realizado em parceria com a Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C; ab3c.org.br). A LBB visa unir, principalmente, estudantes de cursos de biológicas e exatas de diversas universidades brasileiras para testar os seus conhecimentos relacionados à bioinformática. Além disso, a LBB tem como objetivo promover a integração de alunos da comunidade acadêmica, contribuir com a formação de recursos humanos em bioinformática e estimular futuras competições nacionais e internacionais na área. O networking desenvolvido durante a LBB é essencial para o aprendizado e disseminação do conhecimento científico, contribuindo com a formação de novos bioinformatas no Brasil.

A LBB 1ª Edição [9] foi realizada em formato presencial e virtual, desafiando 168 estudantes de universidades públicas e privadas do Brasil e do exterior. O público-alvo da competição consiste principalmente em estudantes de graduação e pós-graduação, bem como profissionais de áreas correlatas. A LBB consiste em três fases: 1) constituída por 60 questões objetivas de biologia, bioinformática e tecnologia da informação; 2) composta por cinco desafios de biologia computacional; e 3) inclui o desenvolvimento de um projeto de pesquisa inovador pelos finalistas da competição. Durante a competição de 2021, serão abordados temas relevantes a bioinformática e biologia computacional por meio de webinars (seminário online). Ainda, serão realizados eventos de networking social e de discussões em diversas ômicas, a fim de auxiliar o crescimento profissional dos participantes. Dessa forma, a LBB tem potencial de gerar diversos impactos positivos no campo acadêmico brasileiro.

Organização da LBB

A LBB é um projeto autônomo da RSG-Brazil, que permite a participação de integrantes não associados ao grupo e possui um setor administrativo próprio. Essa autonomia permite que a LBB tenha seus próprios termos de responsabilidade e de sigilo, bem como a não divulgação de dados confidenciais a pessoas externas à organização da competição.

A LBB é formada atualmente pela célula administrativa e seus departamentos. A primeira é composta pela presidenta, vice, e uma representante da RSG-Brazil. Esse setor é responsável pela gestão principal, monitoramento de atividades, e demandas jurídicas e administrativas. Enquanto a segunda célula é dividida em: Atendimento ao Público, Banco de Questões, Financeiro, Jurídico e Mídias Sociais (Figura 1). A LBB é organizada por alunos de graduação e pós-graduação, pós-doutorandos, profissionais da área e professores de diferentes universidades/institutos do Brasil e do exterior. Todos os membros têm em comum o interesse pela bioinformática e o desejo de difundi-la no Brasil, promovendo o conhecimento a comunidade.

Figura 1. Estrutura organizacional da LBB. A organização é formada por dois setores, administrativo e departamentos. Os departamentos são divididos em Atendimento ao público, banco de questões, financeiro, jurídico e mídias sociais.

Os departamentos da organização foram distribuídos de forma a atender às diversas demandas organizacionais, sendo que cada setor é constituído por um coordenador e pelos integrantes. Os coordenadores são responsáveis por gerir as atividades, auxiliar na adaptação dos novos integrantes e direcionar o grupo. Integrantes são colaboradores do grupo. Eles contribuem para realizar as atividades estabelecidas, além de propor novas ideias, tendo a prerrogativa de propor sugestões em reuniões gerais em nome daquele departamento. Essa divisão de trabalhos tem um papel essencial para uma distribuição de tarefas de forma mais organizada e eficiente, visto que todos os participantes são voluntários e possuem outras atividades paralelas. Ademais, a organização tem reuniões mensais para apresentação de ideias e votações, sendo tudo registrado em atas.

O Atendimento ao Público (AP) é responsável pelas mídias oficiais da LBB, apresentando como responsabilidades principais: atualizações do site, atendimento no e-mail oficial, inscrições na LBB, inscrições e sorteio do LBB MATCH, geração e envio de certificados. O Banco de Questões (BQ) tem como responsabilidades: a elaboração das provas da primeira fase, o contato com professores para a prova da segunda fase, revisão ou reelaboração dessas questões, implementação da prova da segunda fase no sistema para correção automática, e determinação do projeto da terceira fase e sugestão da banca final. Além disso, o BQ também tem como responsabilidade a correção e revisão das provas após a primeira e segunda fase. O Financeiro (F) é responsável pela arrecadação de patrocínio e destinação das verbas obtidas. O Jurídico (J) tem como responsabilidade a proposta do regulamento oficial e dos termos jurídicos e contratos desenvolvidos pela LBB. Por fim, as Mídias Sociais (MS) são responsáveis pelo desenvolvimento das artes para Instagram e Facebook oficiais da LBB. As MS têm o intuito de difundir temas pertinentes à bioinformática e a própria competição para a sociedade. Durante o período que antecede e precede a competição, o departamento também é responsável por manter os participantes informados sobre o regulamento, prazos e seus resultados, bem como prospectar novas parcerias para a divulgação da competição.

Inscrições

As inscrições são realizadas através do site oficial da LBB (https://lbb.ime.usp.br/) mediante o preenchimento de um formulário eletrônico no qual exige que o participante esteja de acordo com três documentos: regulamento, termos de uso de imagem e termo de conduta. Na LBB 2ª Edição, a inscrição de cada integrante é realizada individualmente, o que garante uma maior confiabilidade dos dados e a leitura dos termos por todos os integrantes da equipe. Para o preenchimento da primeira parte do formulário é necessário: 1) nome da equipe; 2) senha de segurança; e 3) nome completo de cada integrante. Lembrando que todos os itens devem ser iguais para todos os integrantes da equipe. Durante a segunda fase de preenchimento do formulário, cada participante deve escolher sua posição na equipe (líder, integrante 2 ou integrante 3). Ressaltando que o líder deverá apresentar um atestado de matrícula em Instituição de Ensino Superior Brasileira e que integrantes com doutorado completo devem se cadastrar como integrante 2. Nessa parte ocorre o cadastro dos dados pessoais do participante: nome completo, e-mail, CPF, data de nascimento, naturalidade, identidade de gênero, nível de escolaridade, área de graduação, Universidade/Instituto ou local de trabalho, estado da Universidade/Instituto ou trabalho, área da bioinformática que possui domínio, nível de conhecimento em bioinformática, nível de programação, linguagem de programação, e organismos que trabalha atualmente (ou trabalhou). Após a submissão da resposta, o participante receberá um recibo de preenchimento por e-mail, que deve ser guardado como comprovante de inscrição. Sobretudo, cada participante deve se responsabilizar pela veracidade das informações fornecidas durante a inscrição, pois será feita a checagem das informações prestadas.

São admitidas inscrições de equipes com dois ou três integrantes, sendo exigido que todos os participantes sejam maiores de 18 anos no momento da inscrição, e que pelo menos um integrante esteja regularmente matriculado em uma Instituição de Ensino Superior Brasileira. Ademais, as equipes podem apresentar apenas um único membro com doutorado completo. São aceitas equipes de quaisquer áreas de formações acadêmicas, universidades e instituições, garantindo maior interdisciplinaridade entre os participantes da competição. Não são aceitas inscrições de doutores com mais de dois anos após a defesa, profissionais do setor privado e público na área de bioinformática ou áreas correlatas com mais de quatro anos de serviço que estejam empregados no momento da inscrição, profissionais contratados ou concursados em universidades ou institutos federais, estaduais e privados com mais de quatro anos de serviço que estejam empregados no momento da inscrição. Além disso, ficam impedidos de participar membros da Comissão de Organização, membros da RSG-Brazil em situação ativa, ex-membros da Comissão de Organização (menos de cinco anos entre o desligamento oficial da Comissão de Organização da LBB e a data final de inscrição da LBB 2021) e ex-membros da RSG-Brazil (menos de um ano entre o desligamento oficial da RSG-Brazil e a data final de inscrição da LBB 2021). Isto garante que nenhum competidor tenha acesso a informações privilegiadas.

Além disso, os competidores precisam estar de acordo com os termos: 1) Autorização para Uso de Imagem Pessoal, que visa autorizar a utilização de sua imagem e nome, em favor da LBB e das organizações parceiras e patrocinadoras; e 2) Termo de Consentimento para Tratamento de Dados, que visa registrar a utilização dos dados pessoais em caráter gratuito para fins acadêmicos e científicos.

O último termo a que todos os participantes devem estar de acordo, é o Manual de Conduta do Competidor Disciplinar e Ético, na qual a LBB define diretrizes para que o competidor haja de acordo com os valores da LBB a fim de gerar um ambiente harmonioso e de equidade, visando sempre o respeito, responsabilidade, honestidade e gentileza.

LBB MATCH

A fim de suprir a necessidade de participantes que não tinham equipes, a LBB criou alternativas para auxiliar nesta etapa, entre elas, o LBB MATCH (MATCH). O MATCH é um software automático criado em Python, para combinar os candidatos conforme suas características e preferências buscando sempre a formação de equipes equilibradas (Figura 2).

Graphical user interface, text, application, chat or text message

Description automatically generated
Figura 2. Fluxograma de funcionamento do software desenvolvido para o MATCH. Um arquivo .csv com informações dos participantes é utilizado como entrada. Os parâmetros de entrada são definidos: 1) pessoas por equipe, 2) quantidades de equipes a serem formadas, e 3) formato de saída. Em seguida, o software inicia o processamento e montagem das equipes considerando as regras da competição. O arquivo é exportado no formato escolhido.

No ato da inscrição do MATCH, cada candidato preenche um formulário eletrônico (disponível em https://lbb.ime.usp.br/match-na-lbb) descrevendo o seu perfil acadêmico e o perfil desejado para compor a sua equipe. Durante o preenchimento do perfil é informado: estado (onde trabalha/estuda), situação atual (estudo/trabalho/sem vínculo), nível de escolaridade completo, área de graduação, área de bioinformática que tem mais conhecimento, nível de conhecimento em bioinformática, nível de conhecimento em ciências da computação, nível de conhecimento em biologia, nível de programação, linguagem de programação que tem conhecimento, bem como se o candidato tem ou terá doutorado completo até a data da final da LBB (outubro/novembro de 2021).

Com esses dados, são realizados sorteios para possibilitar a formação das equipes levando em consideração as preferências de cada inscrito. Os sorteios são eventos em que executamos o software para distribuição dos inscritos em trios, sempre considerando as normas do regulamento e a preferência dos inscritos. Durante a edição atual foram definidas quatro datas de sorteios. Ao final de cada sorteio são enviados os perfis dos integrantes sugeridos, e os candidatos podem aceitar ou recusar a equipe selecionada. Caso o candidato não responda até a data indicada, ele é recolocado no próximo sorteio. Todavia, se o participante retornar com uma resposta negativa, o sistema evitará que ele seja recolocado com os mesmos integrantes no sorteio subsequente. Durante os três primeiros sorteios, o nome e e-mail dos participantes só são disponibilizados depois do aceite. Porém, no último sorteio, devido à proximidade da data final de inscrição na LBB 2ª Edição, os candidatos não têm a opção de avaliar o perfil dos integrantes sorteados antes que seja liberado o contato dos mesmos.

Além do MATCH e da possibilidade de buscar um grupo através da sua própria rede de contatos, os candidatos que pretendem participar da LBB 2ª Edição, também pode optar pela busca de equipes através das alternativas: 1) Grupo do Facebook “LBB – Dupla a procura de 1 Integrante” (disponível em: https://www.facebook.com/groups/1101535463660577); 2) SLACK LBB 2º Edição (disponível em: https://join.slack.com/t/lbb2edioprocu-xcj6537/shared_invite/zt-prp4m4ty-05MiDnhJHzpherusYHIzJA); 3) Instagram oficial da LBB (@ligabrasileiradebioinformatica), em que são repostados, aos finais de semana, stories de duplas que buscam integrantes. As duplas que desejam utilizar essa última opção podem utilizar a imagem modelo disponibilizada nos “destaques” do Instagram da LBB.

Webinars

Com o intuito de fomentar a troca de conhecimento implementamos webinars na LBB 2ª Edição. Eles são divididos em dois eixos: 1) webinar sobre a LBB: contando experiências sobre como participar, como é organizada a competição, como funciona, como são as provas e respondendo a dúvidas; e 2) webinar temáticos, onde trazemos palestrantes das diversas áreas da bioinformática e biologia computacional para seminários. Ambos os eixos são abertos ao público. O objetivo dos webinars é incentivar a participação do público geral na LBB, seja ele iniciante ou avançado. O eixo temático visa também fomentar a formação de pessoas em todos os níveis (iniciante, médio ou avançado), dando a oportunidade de estudantes aprenderem mais sobre a bioinformática e conhecerem pós-doutorandos, professores, pesquisadores e profissionais que possam ser referência na área. Durante o início do ano, as MS da LBB realizaram um levantamento de temas de interesse através do Instagram utilizando enquetes e/ou caixas de perguntas.

Eventos de networking

A fim de incentivar a formação dos participantes da LBB 2ª Edição e levar um pouco de diversão durante a competição, foram implementados dois tipos de eventos de networking: discussões e social.

O networking de discussões consiste em um espaço para que os participantes possam fazer perguntas sobre temas relacionados à bioinformática e biologia computacional. Nesse espaço poderão ser enviadas dúvidas, perguntas específicas sobre metodologias, e até questionamentos sobre a vida profissional e pessoal na academia, criando um ambiente seguro para discussões saudáveis que estimule o compartilhamento de informações e conhecimentos em bioinformática.

O networking social (Figura 3) será algo mais divertido e que visa estimular a formação de contatos. Para isso, será utilizada uma plataforma para criar um espaço personalizado para a LBB, em que cada participante poderá escolher seu próprio avatar durante o evento. Assim, durante o período estipulado, os integrantes poderão passear pelo espaço LBB e conversar com as pessoas próximas, conhecer futuros parceiros de trabalho e até fazerem algumas amizades em um ambiente descontraído.

Graphical user interface, application

Description automatically generated
Figura 3. Imagem representativa de um espaço virtual para a LBB. Durante a competição será criado um espaço virtual exclusivo para a LBB em que apenas os participantes da competição terão acesso. Nele, cada participante escolherá um avatar que o represente, e poderão conversar por chat ou por chamadas de áudio e vídeo com outros competidores ou convidados.

Primeira fase

A primeira fase da LBB 2ª Edição visa avaliar o conhecimento integrado das equipes participantes tendo como enfoque principal três grandes áreas: Biologia, Ciências da Computação e Bioinformática. Dentro deste contexto são oferecidas uma série de questões, cujas temáticas abordam diferentes linhas de pesquisas atuais e envolvem conhecimentos adquiridos à nível de graduação e pós-graduação.

No total são 60 questões de múltipla-escolha, 20 questões por área, cada uma delas contendo quatro alternativas de resposta, sendo apenas uma delas a correta. Cada resposta correta valerá um ponto e não haverá subtração de pontos no caso de respostas incorretas. As questões deverão ser respondidas em um tempo máximo de 5 horas e 3 minutos, tempo definido por alusão ao “sentido da vida” (5’→3’) – DNA polimerase sintetiza as fitas de DNA neste sentido, produzindo as fitas complementares durante a duplicação do DNA. Ressalta-se que as equipes participantes devem se organizar a fim de resolver as questões em tempo hábil, sendo importante otimizar o conhecimento de cada integrante participante. Além disso, esta fase competitiva deve servir para aprimorar os conhecimentos de todos os integrantes e trazer o aprendizado de forma dinâmica e integrativa com a comunidade científica.

A primeira fase ocorrerá de forma online, e será implementada no Google Classroom (Figura 4). A prova será disponibilizada em um arquivo PDF e todos os participantes poderão fazer o download a partir das 13hs (BRT) do dia 4 de julho de 2021. Após a resolução da prova, os participantes deverão submeter a resposta final na plataforma.

Figura 4. Representação da primeira fase da LBB 2ª Edição. Cada equipe participante deverá responder 60 questões (20 de Biologia, 20 de Ciências da Computação e 20 de Bioinformática) utilizando a plataforma do Google Classroom, em um tempo limite de 5 horas e 3 minutos.

O ranking de notas será composto por:

  1. pontuação total das equipes com pelo menos 50% de acerto em todas as áreas (Biologia, Computação e Bioinformática);
  2. pontuação total das equipes que não atingiram 50% de acerto em todas as áreas.

Em caso de empate de notas, o tempo de prova será utilizado como critério de desempate.

Exemplo: Questão de bioinformática extraída da LBB 1º Edição

Com relação às plataformas de sequenciamento de DNA, quais permitem a obtenção de 𝑙𝑜𝑛𝑔-𝑟𝑒𝑎𝑑𝑠?

A. 454 e Illumina MiSeq.
B. MinION e PacBio SMRT.
C. MinION e Illumina MiSeq.
D. Illumina MiSeq e PacBio SMRT.

Resposta: B

Segunda fase

A segunda fase da LBB consiste em uma série de desafios de biologia computacional com o objetivo de avaliar a compreensão e a capacidade de resolver problemas biológicos das equipes. Portanto, a competição não se limita a resolver desafios de programação, mas também compreender a pergunta biológica e os requisitos necessários para resolução. Além disto, a principal dificuldade destes desafios nem sempre precisa estar atrelada a complexidade algorítmica ou computacional. Um exemplo disto pode ser observado na pergunta abaixo:

Dado uma lista das coordenadas espaciais dos átomos de uma estrutura proteica, identifique todas as pontes dissulfeto presentes nesta estrutura.

Como pode-se ver, ao invés de darmos como entrada um arquivo convencional de estrutura proteica, como o PDB, mmCIF ou PDBML, foi dado apenas a informação necessária para a resolução do problema, inviabilizando também que os participantes resolvam o desafio através do uso de ferramentas já existentes. O desafio computacional deste exemplo é simples, a dificuldade vem principalmente do conhecimento a respeito das pontes dissulfeto, e ligações entre pares de cisteínas, que são estabilizadas por volta de 2Å de distância. Também é importante garantir que não haja possibilidade de falha nos resultados esperados, que podem ser causadas principalmente por exceções no conceito biológico. Por exemplo, existem variações na literatura a respeito da distância máxima entre pares de cisteínas para que haja uma ponte dissulfeto. Para isto, o dado de entrada deve ser preparado para que todas as pontes estejam dentro do conceito base, não abrindo espaço para ambiguidade no resultado esperado.

Todas as questões da segunda fase serão corrigidas automaticamente pela plataforma utilizada pela LBB. O único arquivo fornecido pelo usuário será um texto contendo o resultado obtido. Portanto, a elaboração dos desafios requer atenção extra à forma de avaliação das questões, sendo necessário o acesso ao resultado ótimo global de cada análise. Além disso, é também elaborada uma função de pontuação para os resultados submetidos. 

Os desafios presentes na segunda fase são elaborados por professores de universidades ou institutos de pesquisas, atuantes na área da bioinformática, e são revisadas, testadas e implementadas pelo BQ. A segunda fase ocorrerá nos dias 11 e 12 de setembro de 2021, sendo disponibilizada às 0h do dia 11 e permanecerá aberta até as 23h59 do dia 12.

Terceira fase

A terceira fase da LBB consiste em desenvolver um projeto em bioinformática delineado pela Comissão de Organização. O projeto se baseia em explorar dados disponíveis em bancos públicos para um problema social, ambiental, humano, entre outros. Durante o desenvolvimento do projeto de pesquisa são consideradas: Pergunta Científica, Justificativa, Objetivo, Metodologia, Resultados Preliminares e Cronograma. Do mesmo modo, o projeto proposto é delimitado, tanto em tempo de desenvolvimento, quanto em custo. As equipes finalistas devem escrever o projeto destacando a sua extensão alcançada, a formação de recursos humanos, o retorno social, o impacto ambiental, bem como, a criação/suporte de novas redes de colaboração, infraestrutura, divulgação de resultados e entre outras.

As três equipes finalistas apresentarão um projeto escrito de até cinco páginas que deverá ser entregue até uma semana antes da apresentação. Todos os projetos serão avaliados por uma banca julgadora composta por três pesquisadores(as) em bioinformática. As apresentações orais dos projetos serão realizadas na forma de seminários de 15 minutos, mas sempre explicitando a pergunta científica e as metodologias utilizadas, bem como os resultados obtidos. Cada integrante da banca julgadora deverá pontuar cada uma das três equipes finalistas pelos seguintes critérios:

  1. A existência de uma pergunta científica bem delimitada;
  2. A escolha adequada de metodologias para responder aquela pergunta;
  3. A exploração e interpretação adequada dos resultados obtidos;
  4. A clareza e criatividade da apresentação do projeto;
  5. Bônus.

A definição da equipe vencedora é decidida exclusivamente pela banca, sem a interferência da organização da LBB. A terceira fase da LBB foi pensada para estimular o aprendizado sobre a criação de um projeto de pesquisa delineado, pensamento crítico, viabilidade financeira, planejamento de tempo, e aplicação de ferramentas em bioinformática. É de suma importância que as equipes sejam claras e objetivas, mas se atenham ao custo e tempo proposto para desenvolvê-lo. A terceira fase ocorrerá no mês de novembro de 2021 e será divulgada com pelo menos 60 dias de antecedência.

Discussão

A LBB mostrou-se um evento de sucesso, com potencial de impactar grande parte da comunidade de bioinformática do Brasil, em especial os bioinformatas mais jovens, durante a graduação ou pós-graduação. Através de incentivo pela competição para especialização na formação do bioinformata, cooperação entre indivíduos com experiência em diferentes áreas do conhecimento, e sistematização de conteúdos pautando um currículo de bioinformática, a LBB contribuiu positivamente para o fortalecimento da comunidade de bioinformática no Brasil.

Competições são utilizadas frequentemente como forma de incentivo e atração de indivíduos a áreas ou problemas específicos. Olimpíadas direcionadas a alunos da Educação Básica são tradicionais no Brasil e em outros países, e são vistas como estratégias importantes para atração de jovens para STEM. Recentemente, hackathons são cada vez mais utilizados como forma de recrutamento na iniciativa privada, e como forma de promoção de áreas de conhecimento associadas à tecnologia e à computação. A LBB integra elementos dessas competições em um único evento e, através da competição, procura aumentar o interesse pela bioinformática no Brasil.

Além disso, a organização do MATCH permitiu uma maior integração entre interessados na competição. Pessoas com formação em áreas de conhecimento distintas, e de diferentes regiões do Brasil, tiveram a oportunidade de colaborar durante a LBB 1ª Edição, mesmo sem se conhecer previamente. Essa iniciativa contribui para a integração da comunidade de bioinformática, potencialmente criando novos contatos e promovendo o networking.

Por fim, a LBB mostrou-se como uma plataforma para estabelecimento de um currículo de bioinformática, pautando conhecimentos relevantes para bioinformatas e os permitindo testar seus conhecimentos no framework estabelecido.

Aos que estão inseridos na área da bioinformática ou têm interesse em aprender mais sobre o tema, a LBB é uma grande oportunidade para aprender e avaliar seus conhecimentos. A LBB 2ª Edição vem ainda com a inclusão de webinars e propostas de networking que podem favorecer o aprendizado.

A organização da LBB 2ª Edição conta com 17 integrantes, entre eles professores, estudantes, e profissionais de bioinformática, todos realizando trabalho voluntário para organizar a competição em conjunto com outras atividades. A alta demanda de tempo surge nesse contexto como o maior desafio para organização da competição. Ademais, a organização atual vem realizando um esforço extra para automatizar o MATCH, organizar documentações e e-mails, aumentar a quantidade de patrocinadores a fim de trazer inovação e prêmios a todos os participantes, e gerar conteúdo para as redes sociais.

Conclusão

A LBB apresenta um grande potencial para incentivar e estimular o aprendizado em bioinformática e biologia computacional a partir de desafios que envolvem um conhecimento multidisciplinar. Durante esta edição, criamos novas formas para estimular o conhecimento sobre temáticas relevantes à bioinformática através dos webinars temáticos, promovendo conhecimento técnico com os networkings de discussão e favorecendo o engajamento social da comunidade de estudantes de bioinformática. Além disso, estamos sempre pensando em novas formas de criar um ambiente de aprendizado que seja inovador e estimulante aos competidores. Além disso, a LBB não se apresenta em 2021 apenas como uma competição, mas como um ecossistema de imersão que vem para desafiar os participantes e ao mesmo tempo trazer conhecimento, a fim de atender a necessidade de iniciantes a experts em bioinformática.

Agradecimentos

Nós agradecemos à International Society for Computational Biology (ISCB) RSG-Brazil (rsg-brazil.iscbsc.org) e  Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C; ab3c.org.br) e a todos os apoiadores da LBB por colaborarem com a execução do evento. Em especial, agradecemos ao Prof. Dr. Marcelo Brandão, Prof. Dr. Fabrício Martins Lopes e Meire Tarlá. Agradecemos também a todos os organizadores do evento que não estão como autores: Prof. Dr. Raquel Minardi, Iracy Mayani Soares e Thales Alves.

Referências

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2. LAKHANI, K. R. et al. Prize-Based Contests Can Provide Solutions to Computational Biology Problems. Nature Biotechnology v. 31, n. 2, p. 11, 2013.

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4. BRADNAM, K. R. et al. Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species. Gigascience, v. 2, n. 1, p. 10, Jul 22 2013.

5. LAWSON, C. L. et al. Cryo-EM model validation recommendations based on outcomes of the 2019 EMDataResource challenge. Nat Methods, v. 18, n. 2, p. 156-164, Feb 2021.

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8. MILLER, K.; SONNERT, G.; SADLER, P. The Influence of Students’ Participation in STEM Competitions on Their Interest in STEM Careers. International Journal of Science Education, v. 8, n. 2, p. 95-114, 2018.

9. CARVALHO, L. M. et al. League of Brazilian Bioinformatics: a competition framework to promote scientific training. bioRxiv, 2020

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Sheila Nagamatsu
Possui graduação em Biotecnologia pela Universidade Federal de São Carlos (UFSCar - São Carlos), com período de intercâmbio na Universidad del País Vasco (UPV), Espanha. Doutorado em Genética e Biologia Molecular com ênfase em Bioinformática pela Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP), atuando principalmente na área de genômica e transcriptômica de levedura para produção de biocombustíveis. Atualmente é Post Doc em Yale University, Estados Unidos, atuando em genômica e epigenômica de Humanos na área de Psiquiatria.

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