Bioinformática estrutural

Selecionando partes de uma proteína com PyMOL (comando select)

O comando select pode ser usado no terminal de comandos do PyMOL para selecionar resíduos ou grupos de resíduos. Sintaxe:

select [o que se deseja selecionar]

Há várias palavras-chave que podem ser usadas na seleção, como por exemplo:

  • resi: seleção com base no número do resíduo (e.g., select resi 20);
  • resname: seleção com base no nome do resíduo (e.g., select resname ala);
  • chain: seleção por cadeia (e.g., select chain A);

Podemos ainda selecionar partes uma proteína usando a palavra-chave around.

select [e.g. resíduo] around [distância em angstroms]

Como estudo de caso, vamos avaliar a lisozima PDB ID: 2LZM. Carregue-a no PyMOL usando:

fetch 2lzm

Selecionando um resíduo pelo número (resi)

Vamos começar selecionando um resíduo. Escolhemos aleatoriamente o triptofano na posição 126 (W126). Vamos destacar o resíduo como stick para que possamos visualizar melhor a seleção.

Carregando proteína 2lzm no PyMOL. Fonte: próprio autor. Gerado usando PyMOL 2.4 (https://pymol.org).

Para selecionar o resíduo 126 podemos usar o comando:

select resi 126

Resíduo 126 (triptofano) de 2LZM. Fonte: próprio autor. Gerado usando PyMOL 2.4 (https://pymol.org).

ou você pode usar apenas:

sele resi 126

Note que por padrão, uma seleção é nomeada como “sele”. Para alterar o nome da seleção, aplique o comando:

select [nome da seleção], resíduo-que-se-deseja

Como por exemplo, para selecionar o resíduo 100 e chamar essa seleção de minha_selecao podemos usar:

select minha_selecao, resi 100

(A) Seleção com nome padrão (sele)(B) Seleção com nome personalizado (minha_selecao)
Seleções exibidas no painel do PyMOL. (A) Seleção sem especificar o nome. (B) Seleção atribuindo o nome minha_selecao. Fonte: próprio autor. Gerado usando PyMOL 2.4 (https://pymol.org).

Selecionado com base no nome do resíduo

Podemos coletar todos os triptofanos de uma proteína digitando:

sele resname trp

Selecionando todos os triptofanos. Observe que a seleção não exibe os sticks (apenas o triptofano 126 estava exibido anteriormente). Fonte: próprio autor. Gerado usando PyMOL 2.4 (https://pymol.org).

Para coletar resíduos próximos, podemos usar o comando:

sele resi 126 around 6

Seleção de resíduos a uma distância de 5 angstroms de W126. Fonte: próprio autor. Gerado usando PyMOL 2.4 (https://pymol.org).

Note que ao fazer isso, apenas os átomos serão selecionados:

Átomos selecionados a uma distância de 5 angstroms de W126 exibidos como sticks. Fonte: próprio autor. Gerado usando PyMOL 2.4 (https://pymol.org).

Selecionado a região ao redor de dois resíduos

Digamos que desejemos selecionar todos os átomos a uma distância de 10 angstroms dos resíduos 100 e 126. Para isso podemos usar o comando:

select regiao-100-126, resi 100 or resi 126 around 10

Seleção de resíduos a uma distância de 10 angstroms dos resíduos 100 e 126. Fonte: próprio autor. Gerado usando PyMOL 2.4 (https://pymol.org).

por Diego Mariano (25 de março de 2021).

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